Las diferencias entre archaeas y bacterias son las siguientes:

En su pared celular las archaeas no presentan paredes de peptidoglucano como las paredes de las bacterias, aunque las archaeas pertenecen al grupo metanogenos que contiene esa sustancia ( claro que con componentes y enlaces diferentes). Las paredes de las archaeas contienen polisacarios, glucoproteinas.
En cuanto a a sus ribosomas, las  archaeas presentan ribosomas, pero a diferencia de los encontrados en las bacterias que son sensibles a ciertos agentes químicos, Cosa que las Archaeas no lo son.                                                                  ARCHAEA

                                                 
                                                          BACTERIA        

Otra diferencia seria a la hora de comparar los flagelos de ambos. El flagelo bacteriano es un sisitema de secrecion de tipo III modificado, mientras que los flagelos de las archaea se asemeja a los pilis de tipo IV.